1719–1911 · Pierwsze wielkie remonty
Upływ czasu, zniszczenia wojenne sprawiły, że w ciągu wieków świątynia cieksyńska przeszła kilka poważnych remontów i modernizacji. Uszkodzenia przyniosły XVII-wieczne walki ze Szwedami, a kamienne kule z tego okresu do dziś tkwią w murach kościoła, po stronie północnej. W 1719 r. świątynię restaurował Jan Borukowski. Gruntowne remonty kościoła przeprowadzono w latach: 1823–1824, kosztem Tadeusza Przybylskiego, właściciela dóbr Cieksyn; 1867–1879, staraniem ks. Piotra Bobra oraz 1909–1911, pod kierunkiem ks. Mariana Kowalskiego, według projektu Stefana Szyllera. Odbudowę zniszczeń z okresu I wojny światowej przeprowadził ks. Adam Justyn Murawski.
1945–1967 · Powojenna odbudowa
Natomiast po zakończeniu II wojny światowej świątynię remontował ks. Tadeusz Kamiński, proboszcz cieksyński w latach 1945–1967. Zakupił 17-głosowe organy, odnowił kościół z zewnątrz, sprawił gipsowe stacje Drogi Krzyżowej. W 1952 r. Stefan Domurat wykonał polichromię, sprowadzono neogotycki prospekt organowy, a w latach 1957–1958 odrestaurowano rzeźby Grupy Ukrzyżowania. Staraniem tego proboszcza wyremontowano również parkan, zelektryfikowano kościół, ufundowano dzwon, wybudowano plebanię, a także ogrodzenie cmentarza grzebalnego.
1967–1977 · Dalsze prace przy świątyni
Kolejny proboszcz ks. Jan Radomski (1967–1977) przeprowadził wymianę tynków zewnętrznych świątyni, zabezpieczył uszkodzone fragmenty dachu, odnowił parkan oraz zradiofonizował kościół.
1977–1993 · Odnowa wnętrza
Ks. Józef Janicki (1977–1993) wykonał remont części dachu, odnowił wnętrze świątyni, ołtarze boczne, ambonę oraz chrzcielnicę. W 1982 r. w kaplicy ufundowano witraż Jezus Miłosierny. Natomiast w 1985 r. zakupiono dwa dzwony.
1993–2000 · W stronę Wielkiego Jubileuszu
W latach 1993–2000 ks. Adam Staniszewski odnowił ołtarz główny, sprawił dębowe ławki oraz dwa konfesjonały. W Roku Wielkiego Jubileuszu Chrześcijaństwa, z jego inicjatywy przebudowano posadzkę w prezbiterium, wykładając ją marmurem, ufundowano mensę ołtarzową i ambonę.
2000–2009 · Zabezpieczenie zabytku
W latach 2000–2009 opiekę nad zabytkową świątynią sprawował ks. Józef Szczeciński. Została wykonana izolacja pozioma, osuszono zewnętrzne i wewnętrzne mury kościoła. W latach 2001–2004 na całości świątyni wymieniono więźbę dachową, dach pokryto blachą ocynkowaną, zaś na wieży blachą tytanowo-cynkową oraz położono nowe tynki na kościele i parkanie. Natomiast w latach 2004–2005 odkuto tynki wewnątrz świątyni, wymieniono instalację elektryczną, nałożono tynki renowacyjne i wykonano malaturę. Ponadto wyremontowano plebanię. Wokół kościoła przeprowadzono niwelację terenu i drenaż odwadniający, położono kostkę brukową oraz ufundowano stacje Drogi Krzyżowej. Została przeprowadzona konserwacja figury Matki Bożej z Dzieciątkiem, figury św. Rocha, a także drzwi głównych. Dokonano również pierwszego etapu restauracji ołtarza głównego, który obejmował konserwację obrazów i rzeźb.
Kolejne prace konserwatorskie
Staraniem ks. Krzysztofa Krawczaka, zakończono drugi etap prac konserwatorsko-restauratorskich przy ołtarzu głównym, ławki wyłożono obiciem, w kościele zainstalowano ogrzewanie punktowe oraz wymieniono meble w zakrystii. Z konserwacji powróciła XVIII-wieczna lampa wieczna oraz mechanizm zegarowy. W trakcie realizacji jest restauracja zabytkowych organów.